Есть 3 отдельных этапа:
*mspformat, после которого флешку нужно переинициализировать (вынуть/вставить в зызу, отключить/подключить карт-ридер), иначе последующаяя запись будет на нее произведена некорректно;
*заливка нужных файлов на флешку, - это можно полностью автоматизировать;
*перепрограммирование батарейки, - можно только в зызе.
Так что полностью автоматизировать не получится.